在深圳，工伤认定工作主要由以下部门负责：

1. 用人单位所在地的社会保险行政部门：按照属地原则工伤认定申请应向用人单位所在地的设区的市级社会保险行政部门提出。具体操作流程如下：

a. 员工发生工伤事故或被诊断为职业病后，用人单位应在事故发生或确诊之日起30日内，向有管辖权的社会保险行政部门提交工伤认定申请。

b. 假如用人单位未在规定期限内申请员工或其亲属可在事故或确诊之日起1年内直接向工伤保险部门提出工伤认定申请。

2. 工伤保险部门：负责接收和审核工伤认定申请，调查事故情况，并作出工伤认定的决定。

深圳的工伤认定工作由社会保险行政部门和工伤保险部门共同负责，确信工伤员工的权益得到妥善解决。

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【责任编辑:用户秋巧】