在杭州单位认定工伤的流程如下：

1. 申请工伤认定：单位、受伤害职工或其直系亲属向医保科提出工伤认定申请，并领取《工伤认定申请表》。

2. 提交材料：申请人需提供身份证、劳动合同、医疗诊断证明等相关材料。

3. 受理审查：劳动保障行政部门在15日内对申请材料实行受理和审查确认是不是合工伤认定的条件。

4. 调查核实：必要时，劳动保障行政部门会对提供的证据实调查核实。

5. 作出决定：按照审查结果行政部门会在45日内作出工伤认定的决定。

6. 反馈结果：工伤认定决定作出后，20个工作日内将结果送达申请人。

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