1. 信用卡逾期5年本金五千是指持卡人未能在规定期限内偿还信用卡欠款致使逾期时间长达5年而逾期本金仅为五千元。

2. 在此类情况下持卡人有可能面临以下疑惑：

- 逾期罚息和违约金累积，造成实际欠款金额远超本金。

- 信用记录受损，作用个人信用评级和未来的金融活动。

- 银行或会采纳法律手追讨欠款，甚至将案件提交给中心。

3. 若持卡人期望只还本金，需要与银行协商，以下是若干可能的协商途径：

- 拿出诚意解释逾期起因，提供相关证明材料如低保贫困证明、重疾证明等。

- 与银行工作人员沟通，表达还款意愿和还款计划。

- 若逾期金额较小，银行或会考虑减免部分罚息和违约金，允只还本金。

4. 信用卡逾期5年往往被视为严重失信表现，银行可能不会轻易同意只还本金。持卡人应尽早与银行沟通，寻求合理应对方案。